Tras la independencia estadounidense, el territorio experimentó un rápido crecimiento con la afluencia de numerosos inmigrantes europeos, especialmente irlandeses; fue el arzobispo de Baltimore, John Carroll, quien estimuló la actividad misionera en esa parte del estado de Nueva York.
[2] John McCloskey, exobispo auxiliar de Nueva York, fue nombrado primer obispo, quien luego fue trasladado a la capital del estado y creado cardenal en 1875, el primero para los Estados Unidos.
Más tarde, el obispo Francis McNeirny hizo cambios sustanciales modelando el edificio en la Catedral de Colonia.
En 1865 se abrió en Troy un seminario para toda la provincia eclesiástica de Nueva York, el seminario de San José, pero se cerró en 1896.
El seminario diocesano Mater Christi se abrió durante el episcopado de Edmund Francis Gibbons.