Después de graduarse en electrónica, se ganó una beca para estudiar en la Indiana University de Pensilvania, Estados Unidos y en 1985 estudió jazz en el Berklee College of Music.En la década de 1980 tocó y grabó con varios músicos de jazz incluyendo a Dizzy Gillespie, Jack DeJohnette, Charlie Haden, Michael Brecker, Joe Lovano, Tito Puente, Gerardo Núñez, Wynton Marsalis, John Patitucci, Tom Harrell, Gary Burton, Wayne Shorter, Roy Haynes, Steve Lacy, entre otros.Hacia 1993 se concentró en trabajar con sus propios grupos y realizó los discos Danilo Pérez (1993) y The Journey (1994), este último estuvo en las listas de los mejores álbumes del año.En 1996 grabó su disco PanaMonk que además de ser nombrado una “obra maestra del jazz” por el New York Times, fue escogido como uno de los 50 discos más importantes del jazz piano por la revista Downbeat.Danilo Pérez se ha destacado como compositor incluyendo comisiones para los Juegos Olímpicos de 1996, el Concorzo Internazionale en Bolonia (1997), el Chicago Jazz Festival (1999), el Jazz At the Lincoln Center (2000 y 2002), entre otros.
