[6]​ Hacia 1661, se posesionó como canónigo de la catedral de Lima, sirviendo como juez ordinario del Santo Oficio y provisor del arzobispo.

[7]​No obstante, el candidato elegido resultó ser Vasco de Contreras y Valverde, que para ese momento fungía como décimo Obispo de Popayán.

Ya instalado en su sede, emprendió las obras finales de la segunda catedral que habían iniciado sus predecesores desde los tiempos de Domingo de Ulloa, por lo que entre estas nuevas adiciones se destaca la construcción entre 1673 a 1682 de la Torre del Reloj (único remanente de la segunda catedral) cuyo modelo se inspiró desde Chiapas, México (su antigua sede episcopal),[9]​que es uno de los legados más importantes que dejó el obispo en la ciudad siendo uno de sus monumentos más reconocidos y visitados hoy en día, desde su finalización y hasta la actualidad ha fungido como torre-campanario para la catedral de la diócesis.

Aún se puede apreciar en la base de su cara norte, una inscripción en piedra que recuerda al ''Obispo Indigno de Quirós'' como el promotor y constructor de aquella torre y le pide especialmente que recen por su alma quienes lean aquellas palabras.

[10]​ Sin embargo, monseñor Cristóbal no alcanzaría a ver terminada la primera fase de esta iglesia, debido a que falleció el 11 de mayo de 1684 en Popayán, siendo sepultado en la antigua segunda catedral de la ciudad que sería destruida por un terremoto en 1736.