Hijo de Gregorio Vallejo e Isabel Mejía.
Luego tuvo el cargo de prior en los conventos carmelitas de Ávila, Valladolid, Medina del Campo y Madrid.
Más adelante fue provincial de su orden en Castilla, procurador general de las provincias de España y Portugal ante la Santa Sede y calificador del Santo Oficio.
En 1628 fue promovido al arzobispado de Santo Domingo, pero permaneció en Popayán, hasta que en 1630 fue informado de su traslado al vacante obispado de Trujillo, en el Perú.
[1][4] Falleció el 29 de octubre de 1635 y por su disposición testamentaria, su cuerpo fue enviado a Madrid, donde fue enterrado en la capilla mayor de su convento, de la que tenía el patronato y a la que había donado 30 000 pesos.