Hijo de Pedro González y de Francisca Gómez, una familia empobrecida quizá de la baja hidalguía, no nació en Toledo, como afirmaba el cronista Gil González Dávila,[1]​ sino en Torrecilla en Cameros (La Rioja) y a los diecisiete años (1562) marchó a México con un tío suyo.

En 1574 se trasladó a España en compañía del provincial agustino de las Filipinas, el muy notable por todos los conceptos padre Diego de Herrera, llegado un año antes a México desde Filipinas para reclutar misioneros, pero también con la cristiana idea de impedir la "guerra justa" contra los aborígenes filipinos, para lo cual Herrera había redactado un memorial que deseaba presentar al rey donde describía, entre otros pasajes, el lamento a gritos de un nativo contra los españoles: Herrera lamentaba además que bastantes encomenderos “mataron mucha gente y cautivaron y vendieron por esclavos, (…) porque dicen que desafiaron a los españoles, aunque en todos ellos no hubo resistencia”.

Poco después volvió a Madrid, donde es posible que entonces pusiera en limpio para la imprenta su Historia del reino de la China.

En la Corte ya el sacerdote Juan de Ovando y Godoy, que era el interlocutor de Herrera y Mendoza en el Consejo de Indias, les había explicado que se había decidido, en "lo que tocaba a la embajada para el rey de la China... como cosa más importante y que requería más tiempo y mayor acuerdo, se difiriera para mejor ocasión”.

En 1599 tuvo que presentar su renuncia, y el 23 de noviembre ya había un nuevo obispo en Lipari.

[9]​ Publicada en Roma en 1585, su obra Historia de las cosas más notables, ritos y costumbres del gran reyno de la China tuvo un enorme impacto en Europa: se publicaron 38 ediciones en siete lenguas diferentes en los 15 años que siguieron a la editio princeps / primera edición.