Se dice que el sitio donde se realizó esta liturgia fue por los terrenos sur de la plaza central, mismo que fue entregado a la recién fundada Diócesis, con el obispo Juan del Valle a la cabeza; por lo que una primitiva choza pajiza fue levantada como una Catedral pro tempore en 1558 que no sobrevivió a los terremotos de final de siglo.

La nueva obra tendría una orientación oriente a occidente (desde el camarín hasta la fachada), la cual daba hacia la Calle de El Reloj (Carrera 7) y se ideó un campanario para la iglesia que se ubicaría en la esquina suroccidente.

Fue el obispo don Cristóbal Bernaldo de Quiroz quien puso la primera piedra del campanario en 1673, constado en una placa que aun es visible en la base de la torre.

En sus planos iniciales, constaría de tres cuerpos, uno alto y sin ornamento alguno, que sustentaría a su vez dos pisos de arcos de medio punto hechos con ladrillo separados por pilastras donde se ubicarían las campanas, siendo todo el conjunto coronado por una elegante cúpula, quedando todo concluido hacia 1682.

El modelo usado para la construcción sería proveniente de Chiapas, México,[3]​ por lo que sería de un estilo más barroco churrigueresco.