La ciudad se encuentra en el sureste del país, entre el Océano Atlántico y el Lago Nokoué, alrededor de la laguna Cotonú (que en realidad es un estrecho).

En 1851 los franceses firmaron un tratado con el rey Ghezo de Dahomey por el que obtenían permiso para establecer un puesto comercial en Cotonú.

La ciudad ha establecido una infraestructura de transporte que incluye rutas aéreas, marítimas, fluviales (a Porto Novo) y terrestres que facilitan el comercio con sus vecinos Nigeria, Níger, Burkina Faso y Togo.

Cuenta con conexiones por carretera con algunos de los países vecinos, como Nigeria, Burkina Faso, Níger y Togo.

Debido a estas infraestructuras, Cotonú se ha convertido en una encrucijada y punto central para el comercio de África Occidental.

La ciudad es llamada "ciudad-mercado", ya que posibilita el comercio con los estados africanos del interior como Malí, Burkina Faso y Níger.

Además del puerto, hay una zona franca en el interior de la ciudad para ser usada por los estados sin salida al mar.

Entre los lugares de culto, se encuentran principalmente iglesias y templos cristianos : Archidiócesis de Cotonú (Iglesia católica), Église Protestante Méthodiste du Bénin (Consejo Metodista Mundial), Église du christianisme céleste, Union des Églises Baptistes du Bénin (Alianza Mundial Bautista), Living Faith Church Worldwide, Redeemed Christian Church of God, Asambleas de Dios.