El diferendo se refería en específico a la soberanía sobre la costa del desierto de Atacama en el océano Pacífico.El asentamiento comenzó a ser denominado Nuestra Señora del Paposo, al parecer, desde 1679.En la memoria del Francisco Gil de Taboada que le dio a su sucesor Ambrosio O'Higgins en 1795 se describe el límite entre el Perú y Chile el río Loa.A finales de 1825 Sucre sería instruido por Bolívar que comisione al coronel irlandés Francisco Burdett O'Connor, quien informa de los pueblos y puertos del desierto a Sucre, Bolívar percatado escoge el Puerto de Cobija (antiguo asentamiento chango) por sus condiciones geográficas, su pequeña península y su caleta abrigada a los vientos.En 1831 Bolivia promulga una nueva Constitución, la cual vino a agregar la provincia litoral de Potosí.La evidencia sugiere que Cobija más bien fue una especie de enclave boliviano en el océano Pacífico.Tal actividad genera la dictación de una Ley el año 1841 mediante la cual Chile define como su frontera norte el paralelo 23.El presidente de Chile, Manuel Bulnes, envió expertos a reconocer la costa atacameña.[18] Pero el problema común en 1865 por la guerra con España puso un paréntesis al asunto, ya que Bolivia se alió con Perú, Chile y Ecuador frente a la agresión peninsular, considerándose secundaria cualquier otra disputa que no fuera el enfrentar al enemigo común.[13] Esta agresión proveniente del exterior del continente generó en los países involucrados un ambiente plenamente americanista, lo que facilitó el entendimiento entre Bolivia y Chile para reanudar las negociaciones y lograr finiquitar el primer tratado limítrofe sobre Atacama.Melgarejo fue derrocado y reemplazado por Agustín Morales, quien, siguiendo la corriente de la opinión pública boliviana, declaró nulos todos los actos del gobierno anterior.Pero como no se podía abrogar unilateralmente un acuerdo internacional, abrió negociaciones con Chile para revisar el tratado de 1866.Como compensación a esto, Bolivia ofrecía una mayor participación en los guanos de Mejillones al ser explotados en forma comunitaria.En 1878 la Asamblea Nacional Constituyente boliviana se abocó al estudio del acuerdo celebrado por el Gobierno en 1873.Al negarse la compañía a pagar ese impuesto el Gobierno boliviano decretó el embargo y remate de la salitrera, lo que es mencionado como el casus belli de la Guerra del Pacífico El gobierno chileno vio el tratado como anulado y el ejército chileno ocupó Antofagasta.A cambio Chile consintió en construir un ferrocarril que une la capital boliviana de La Paz con el puerto de Arica y la libertad garantizada del tránsito para el comercio boliviano por puertos y territorio chilenos.El entonces presidente peruano Francisco Morales Bermúdez no dio visto bueno a estos cambios, pero propuso que la mitad hacia el Pacífico del corredor boliviano, no fuera solo de Bolivia, sino un territorio gobernado por los tres estados.Bolivia todavía sostiene reclamaciones sobre el corredor de Atacama que Chile rechaza ofreciendo en cambio sin restricción, pero no acceso marítimo soberano por el territorio para la exportación de gas natural boliviano y otras materias.Hoy los territorios perdidos por Bolivia y Perú dan casi el 40 % de sus ingresos al estado chileno, mientras el estado poseyó la compañía CODELCO explota las más grandes reservas de cobre del mundo.Recientemente Michelle Bachelet en Chile, la primera mujer en ser presidenta de su país, y Evo Morales, el primer presidente de origen Indígena en Bolivia, han hecho esfuerzos para mejorar las relaciones entre los dos países.
El Desierto del Atacama y la Puna en un mapa de 2024.
Mapa de Andrés Baleato, de 1793 mostrando el límite entre Chile y Perú en el
río Loa
, dejando a Charcas sin litoral.
El desierto de Atacama en la
Carta esférica de las costas del Reyno de Chile
levantada por Orden del Rey en el año de 1792 por varios Oficiales de su Real Armada, Alejandro Malaspina; Juan Moreno Tejada; Juan de Lángara; Felipe Bauzá y Pedro Manuel Gangoiti. Puertos de la actual región de Antofagasta aparecen bajo jurisdicción chilena.