Cada zona continental realizó sus eliminatorias: Cuatro naciones participaron por invitación del Cuerpo Central de la FIBA, tras la decisión tomada en noviembre de 2005 y que repercutió en concederle las wild cards a las siguientes selecciones: Criterios para decidir la invitación: Angola Nigeria Senegal Argentina Brasil Estados Unidos Panamá Puerto Rico Venezuela China Japón Líbano Catar Alemania Eslovenia España Francia Grecia Italia Lituania Serbia y Montenegro Turquía Australia Nueva Zelanda
Los equipos eliminados en semifinales disputaron un partido adicional para dirimir el tercer puesto del torneo, la medalla de bronce.
Así, la final de 2006 resultó ser completamente inédita, ya que se trataba de la primera vez que ambas selecciones (España y Grecia) alcanzaban la final del Campeonato del Mundo.
Aunque el MVP del campeonato fue Pau Gasol, la plantilla de España decidió que quien recogiese este trofeo fuese el seleccionador Pepu Hernández, cuyo padre había fallecido el día anterior a la final.
Grecia: Theodoros Papaloukas, Sofoklis Schortsianitis, Nikolaos Zisis, Vassilis Spanoulis, Panagiotis Vasilopoulos, Antonis Fotsis, Nikos Hatzivrettas, Dimosthenis Dikoudis, Konstantinos Tsartsaris, Dimitris Diamantidis, Lazaros Papadopoulos, Michalis Kakiouzis (Entrenador: Panagiotis Giannakis) 3 03 !
EE.UU. Dwyane Wade, Shane Battier, Elton Brand, Brad Miller, Kirk Hinrich, Chris Paul, LeBron James, Chris Bosh, Carmelo Anthony, Dwight Howard, Antawn Jamison, Joe Johnson (Entrenador: Mike Krzyzewski)