Copa Argentina de Básquet 2006

[2]​[3]​ Los treinta equipos se dividieron en ocho grupos de cuatro y tres equipos cada uno, donde se enfrentaron entre sí a partidos de ida y vuelta.

Esta primera instancia se llevó a cabo entre el 5 al 17 de septiembre.

En caso de igualdad de puntos se recurrió a los enfrentamientos entre los equipos en cuestión, siendo favorable el desempate a aquel que hubiese sumado en primera instancia más partidos ganados, y en segunda instancia, más puntos sumados en ambos partidos.

El cuadrangular final se disputó todos contra todos en tres días, entre el 29 de septiembre y el 1 de octubre en sede única, el Estadio Claudio Newell en Rosario.

Nota: Tuvieron ventaja de localía los equipos ubicados en la primera línea.