En esa reforma, además de las viviendas de las monjas, se demolió la primitiva capilla, en la que medio siglo antes había recibido sepultura Miguel de Cervantes, suponiéndose que entonces sus restos pasaron a una fosa común.

Todavía se interrumpieron una vez más las obras en 1688 al morir su arquitecto Marcos López, que no se concluyeron hasta diez años después, de la mano de José del Arroyo.

Al día siguiente de la muerte de Lope, la comitiva fúnebre pasó frente al convento para que su hija pudiera darle su último adiós desde una ventana.

[3]​ El conjunto arquitectónico que se conserva resulta sencillo, a pesar de los añadidos y reformas.

[8]​ La iglesia conserva un gran retablo barroco en el que se narra la milagrosa casulla impuesta por la Virgen al santo Ildefonso de Toledo, en el siglo VII.