El convento, envuelto en sus primeros años en un proceso inquisitorial, ha sido objeto de leyendas.

Entre 1628 y 1808 estuvo en la sacristía el Cristo de Velázquez, pintado para esta iglesia.

Según el relato de los cronistas,[8]​ el reloj fue un regalo de Felipe IV como penitencia y desagravio por haber asediado a una joven y bella monja, llamada Margarita, que se habría salvado «in extremis» gracias a la astucia de la priora haciéndola fingirse cadáver, montaje que logró espantar al rey y sus rijosos acompañantes.

Su autor, que sin duda no fue contemporáneo a los hechos, creó una «ficción galante, procaz, usando probablemente lejanos ecos de los escándalos del convento, pero dándoles una forma original, atrevida, espectacular, las condiciones todas para que tuviera una larga vida».

[10]​ Según este relato, el rey, favorecido por Villanueva, habría conseguido su propósito en un segundo intento.

El conde-duque forzó entonces la salida de la corte del inquisidor e intrigó para que la causa fuese reclamada desde Roma lo que, en efecto, pretendió Villanueva al apelar a Roma contra su procesamiento, cuando el conde-duque ya había muerto.

Finalmente el nuevo inquisidor general, Diego de Arce y Reinoso, habría puesto en libertad a Villanueva, sin leerle sentencia pero con la condición de que ayunase los viernes durante un año y repartiese mil ducados en limosnas, obligado además a guardar silencio sobre los sucesos por orden del rey.