Durante su primer viaje a Italia, entre 1629 y 1630, Velázquez pudo estudiar las obras de los grandes maestros.

La cruz se apoya sobre un pequeño montículo surgido a la luz tras la última restauración.

La cabeza tiene un estrecho halo luminoso que parece emanar de la propia figura; el semblante está caído sobre el pecho dejando ver lo suficiente de sus rasgos y facciones nobles; la nariz es recta.

Pacheco, amparado en argumentaciones históricas suministradas por Francisco de Rioja y el italiano Angelo Rocca, obispo de Tagasta, que en 1609 había publicado un breve tratado sobre esta cuestión, junto con las indicaciones contenidas en las revelaciones a Santa Brígida, sostenía la mayor antigüedad y autoridad de la pintura de la crucifixión con cuatro clavos frente a la más extendida representación del Crucificado sujeto al madero con solo tres clavos, cruzado un pie sobre el otro.

[7]​ Tras ser introducido en Italia por Nicola Pisano el tipo gótico de la crucifixión con tres clavos,[8]​ Gretsero achacó también esa invención, que condenaba, a los artistas franceses, quienes la habrían adoptado para dar más vivacidad a sus imágenes.

En cualquier caso, a partir del siglo XIII el modelo se impuso por todas partes, unido a la tipología del Crucificado gótico doloroso, hasta hacer olvidar la crucifixión con cuatro clavos, y cuando Pacheco quiso recuperar el modelo antiguo hubo de defenderse contra la acusación de introducir novedades.

Pacheco se esfuerza en pintar músculos y tendones, en tanto Velázquez pinta delicadamente la epidermis magullada a través de la cual el esqueleto y la masa muscular que lo envuelve sólo se perciben en forma de sombras discontinuas.

Tanto como su soledad, imagen sagrada sin contexto narrativo, de la que nace su fuerte carga emotiva y su contenido devocional, pues, estando solo Cristo, el espectador también es dejado solo frente al crucificado.

[13]​ El torso aparece puntualmente reproducido en otro Cristo en la cruz de pequeño tamaño, con firma y fecha no autógrafas «Do.

Velázquez fa 1631», conservado también en el Museo del Prado, vivo, con la cabeza elevada, los brazos en tensión y sobre un fondo de paisaje.

El motivo del encargo, sin embargo, y aunque perfectamente podría explicarse por esa continuada función de patronazgo desempeñada por Villanueva, ha sido objeto de diversas y «peregrinas teorías».

Villanueva fue encausado, por las noticias que pudiera tener de aquellos sucesos y por haber dado crédito a los demonios en las profecías con él relacionadas, pero en 1630, cuando se dictaron sentencias de reclusión para las monjas y religiosos implicados —a perpetuidad para fray Francisco García—, la causa contra Villanueva se dejó en suspenso.