El Jefe Supremo del Perú, Felipe Santiago Salaverry se alió con el mariscal Agustín Gamarra para combatir la invasión boliviana dirigida por el presidente Andrés de Santa Cruz, la cual había sido solicitada por el presidente provisorio del Perú Luis José de Orbegoso, atosigado por las revueltas internas.
El sur del Perú acogió favorablemente dicho proyecto, y envió sus representantes a la asamblea de Sicuani, la cual acordó la formación del Estado Sud-Peruano y su federación con Bolivia y con el otro estado independiente que debía formarse en el norte del Perú, región donde, en contraste, no era bien visto el proyecto de la Confederación.
En dicha región se notaron desde un principio síntomas de resistencia ante la nueva situación política.
Santa Cruz, que había esperado en Tarma mientras debatía la Asamblea, entró triunfalmente a Lima el 15 de agosto, asumiendo el mando como Supremo Protector de los Estados Sud y Nor Peruanos.
La Constitución de 1839 ratificó este desconocimiento, prohibiendo en adelante todo pacto federativo que pusiera en peligro la unidad del Perú.