[cita requerida] La táctica del rey Fernando le dio la iniciativa al Duque de Cádiz el cual, tras montar una empalizada, durante varios días asedió Gibralfaro hasta abrir una pequeña brecha en un muro.

Agobiados por el calor y el desabastecimiento las tropas nazaríes lanzaron una última desesperada ofensiva sobre el campamento cristiano, que fracasó debido a la superioridad del ejército de los Reyes Católicos.

Así pues los musulmanes se rindieron y el ejército castellano entró en la ciudad.

El rey Fernando II de Aragón decidió aplicar un castigo excepcional y se negó a conceder una capitulación honrosa para los vencidos.

Excepto el grupo del mercader Alí Dordux, que rindió la ciudad a espaldas del arráez Hamad al Tagrí o El Zegrí, que resistiría en el castillo de Gibralfaro unos días más.

En un primer momento se levantaron cuatro parroquias en la ciudad: las iglesias del Sagrario —dedicada a San Pedro, fundada en 1488 y reconstruida en el siglo XVIII—, San Juan, Santiago y Santos Mártires.