Al ocurrir la desamortización de Mendizábal en la primera mitad del siglo XIX, desaparecen de España los monasterios cistercienses de monjes (llamados "los Bernardos").
Pero los monasterios de monjas no padecieron la desamortización y quedaron bajo la jurisdicción de sus respectivos Obispos.
Los demás monasterios, especialmente del sur, centro y norte de España, iniciaron un acercamiento y vinculación espiritual con la OCSO.
Entre 1993 y 1994 la federación inició los trámites necesarios para incorporarse plenamente a la OCSO, terminando el proceso con el decreto 8 de diciembre de 1994 que convirtió a la federación en una congregación independiente.
[1] En el momento de crearse la congregación contaba con 27 monasterios, pero solamente quedan 23 en la actualidad.