El monasterio se volvió señor rural autónomo en los dos últimos siglos de la Edad Media.

A comienzos del siglo XV solamente ocho religiosas habitaban en el convento.

[6]​ Como consecuencia, la comunidad comenzó su andadura por distintos lugares de la capital burgalesa.

[7]​ Desde 1980 el monasterio está situado en el barrio burgalés de San Cristóbal, a seis kilómetros del centro urbano.

[8]​ En este monasterio se encuentra el manuscrito Vita Adelelmi (Vida de San Lesmes).