En 1984 según palabras del propio Subcomandante Marcos eran 6 los integrantes del EZLN, pero para 1986 el grupo ya había crecido a 12, de los cuales el único mestizo era Marcos, aunque después se le unieron otros dos.

El EZLN organizó y estructuró a las pequeñas comunidades en comunidades autónomas que cumplen el papel de gobiernos paralelos con un comité, y con el dinero que este mismo generaba se comenzaron a comprar las armas.

El EZLN realizó un levantamiento armado en enero de 1994 como protesta a la globalización y a la entrada en vigor del TLC, firmado por México, Estados Unidos y Canadá.

Miembros del EZLN, tapados con pasamontañas, tomaron 4 cabeceras municipales que luego se extendieron a 7; en San Cristóbal de las Casas, Altamirano, Las Margaritas, Ocosingo, Oxchuc, Huixtán y Chanal, además de otras poblaciones hacen pública la primera declaración de la Selva Lacandona.

Después del final del diálogo, se lanzaron muchas acusaciones contra el ejército mexicano y los grupos paramilitares por persecución y detenciones a los zapatistas.