Fue erigida en pueblo y cabecera municipal mediante decreto del 9 de diciembre de 1871, promulgado por el gobernador chiapaneco José Pantaleón Domínguez.

El jefe político del departamento de Comitán hizo la delineación y demarcación del fundo legal del nuevo asentamiento, concediendo a cada familia de indígenas tojolabales suficientes tierras para casa y sitio.

Se dice que este nombre se debe a que en el lugar vivían tres mujeres famosas por su belleza, las cuales llevaban por nombre Margarita.

Se encuentra a una altitud de 1 521 m s. n. m., en las coordenadas 91° 58' 57" W, 16° 19' 0" N. El terreno sobre el que se asienta está marcado por algunas lomas, cuyas pendientes llegan a alcanzar aproximadamente 30 ° en el caso de las más pronunciadas.

La época de mayor precipitación es en verano y otoño.

Este proceso coincide con el amplio movimiento de refugiados guatemaltecos hacia el término del municipio, ubicado en la frontera entre Guatemala y México.

En el municipio se cultiva principalmente el maíz, frijol, café y tomate.

En el municipio se producen maderas de cedro, caoba, roble, hormiguillo y Guanacaste.

Entre los atractivos turísticos con que cuenta el municipio destacan las ruinas arqueológicas de Xintahual, San Joaquín, San Mateo Paloma Real, Los Cimientos y Monte Guerrero, el templo de Santa Margarita, las Cascadas de Santo Domingo y la belleza de los ríos, lagunas y paisajes naturales del municipio.

La fauna del municipio está constituida por una gran variedad de especies de las cuales las más sobresalientes son: mazacuata, iguana de ribera, tortuga plana, zopilote rey, armadillo, jabalí, mapache, tejón, venado, cabrito, culebra ocotera, gavilán golondrino, ardilla voladora, venado de campo.