Desde el levantamiento zapatista en enero de 1994, el EZLN buscó luchar contra estas situaciones.
[3] Por ello, en 1995 el Congreso de la Unión aprobó la Ley para el Diálogo, la Reconciliación y la Paz Digna en Chiapas, lo que abrió la puerta a las negociaciones.
Por el fuerte arraigo del levantamiento en el municipio, además de haber sido de los pocos en donde no se produjeron enfrentamientos violentos entre simpatizantes y no simpatizantes, el subcomandante Marcos propuso y obtuvo que las negociaciones con el gobierno fueran en San Andrés.
La segunda mesa, concerniente a Democracia y Justicia, ocurrió en el transcurso del año, pero no fue firmada.
Las negociaciones involucraron a amplios sectores de la sociedad civil, además del EZLN y el gobierno como principales actores.
Por su parte, el Ejecutivo federal, a través del entonces secretario de Gobernación, Emilio Chuayffet, aceptó, pero reservó la última palabra al presidente Zedillo, quien a inicios de diciembre de 1996 pidió tiempo para consultar la propuesta con los juristas y, en su lugar, presentó una propuesta ajena a lo pactado alegando que los términos del acuerdo "ponían en peligro la unidad del país".
[4] En enero de 1997 los zapatistas rechazaron la propuesta del presidente, así como reabrir la negociación.
Incluso, a mediados del año 2015, Manuel Velasco Coello, gobernador de Chiapas, indicó que los acuerdos deben ser cumplidos y que deben ser plasmados en la Constitución federal.