En 1954 regresa a León, Guanajuato, y al poco tiempo es designado rector del seminario.

[2]​ Esta diócesis se caracteriza por su extrema pobreza y por tener una población mayoritariamente indígena.

Aprendió algunas lenguas indígenas como el chuj, el tsotsil, el chol o el tojolabal y comenzó a celebrar misas empleándolas.

También impulsó la traducción de la Biblia y evangelización en zonas fronterizas, con lo que se crearon comunidades que trabajaban en temas de salud y educación.

[6]​ En abril de 2008 es nombrado por el Ejército Popular Revolucionario mediador, junto con otros intelectuales mexicanos ante el gobierno federal del presidente Felipe Calderón Hinojosa.