Estructuralmente, es una lipoproteína multimérica transmembrana, codificada tanto por el genoma nuclear como por el mitocondrial (concretamente, este último almacena la secuencia del citocromo b).En este ciclo, cuatro protones son liberados en el lado positivo (P) de la membrana interna mitocondrial (hacia el espacio intermembrana), y se extraen cuatro protones desde la matriz (el lado negativo (N) de la membrana interna mitocondrial).Como resultado, dos electrones son transferidos desde el ubiquinol hacia la ubiquinona, por medio de dos citocromos c que actúan como intermediarios.[9] La filtración de electrones ocurre principalmente en el sitio Qo y resulta estimulada por la antimicina A.La antimicina A bloquea a los hemes b en el estado reducido, previniendo su posterior reoxidación en el sitio Qi, lo que en cambio, provoca que las concentraciones basales de la semiquinona Qo se eleven, estas últimas especies reaccionan con el oxígeno para formar superóxido.[10] El superóxido producido en el sitio Qo puede ser liberado tanto en la matriz mitocondrial,[11][12] como en el espacio intermembrana (desde donde después pueden alcanzar el citosol.[12] Las mutaciones en los genes emparentados con el Complejo III se manifiestan típicamente como diferentes tipos de intolerancia al ejercicio.
