El Complejo Administrativo del Sector Público Pesquero fue una obra encargada en 1970 mediante concurso público por el gobierno del general Juan Velasco Alvarado para alojar el Ministerio de Pesquería.

[1]​ En 1988, mediante Decreto Supremo el presidente Alan García, creó el Proyecto Museo de la Nación, cuya sede sería el antiguo ministerio.

También se crearon varias salas multiusos; sin embargo, esto redujo el espacio destinado a exhibiciones.

En 2008, el Museo volvió a cerrar para albergar a la V Cumbre América Latina, el Caribe y la Unión Europea (ALC UE), reduciendo el espacio cultural.

En 2009, su directora de ese momento, Marisol Ginocchio, mencionó que se relanzaría el Museo de la Nación reactivando sus cuatro pisos, buscando presentar la historia peruana hasta la época reciente.