Su ley fundacional le concedía el monopolio de comercio escocés a la India, África y a América, similar a las compañías monopolísticas inglesas preexistentes, así como derechos soberanos extraordinarios y exenciones provisionales de impuestos.

Sus gobernadores se dividían entre Edimburgo y Londres, donde a su vez había escoceses e ingleses.

Además de la nacionalidad, también los negocios eran causa de disensiones: algunos primaban el comerciar hacia la India y la costa africana, en competencia a la inglesa Compañía de las Indias Orientales, mientras otros se agruparon en torno a William Paterson y su Proyecto Darien, que terminó imponiéndose.

Esta unió legalmente los Reinos de Escocia e Inglaterra que hasta entonces era una mera unión dinástica.

Las pérdidas de la compañía fueron asumidas por el nuevo gobierno unificado a cambio de que también se asumiera la deuda inglesa y se subieran los impuestos escoceses.