Cuando le negó el apoyo, intentó entonces persuadir a los gobiernos del Sacro Imperio Romano y la República de Holanda para establecer una colonia en Panamá, pero fracasó en ambos casos.
Paterson regresó a Londres e hizo su fortuna con el comercio exterior (principalmente en las Indias Occidentales) con la Compañía Mercante Taylors.
Un año después Paterson fue retirado del cargo por un escándalo financiero.
Paterson acompañó a la desastrosa expedición escocesa a Panamá (1698), donde su esposa y su hijo murieron, y él enfermó gravemente, fue de los pocos sobrevivientes.
Un misterio aún rodea el sitio del entierro de Paterson.