La geografía regional clásica identificaba las comarcas como regiones naturales, cuyos rasgos humanos e incluso históricos estarían determinados (determinismo geográfico) o al menos influidos por factores físicos, principalmente por el relieve y los ríos (que marcan sus límites y definen zonas con clima, vegetación o suelos[4][5] similares).
No debe confundirse el concepto de comarca o región natural con el nivel superior de división espacial en términos de geografía física de España, que está en las grandes unidades estructurales: Meseta Central (dividida en Meseta Norte y Meseta Sur), Cornisa Cantábrica, Valle del Ebro, Andalucía occidental (o "Bética", o Valle del Guadalquivir), Andalucía oriental (o "Penibética"), Levante español y los archipiélagos (Baleares y Canarias).
Las comarcas del alto Ebro suelen incluirse en los estudios geográficos en la Cornisa Cantábrica (Campoo -Comunidad Autónoma de Cantabria-) y en la Meseta Norte (Las Merindades, Bureba, Comarca del Ebro -provincia de Burgos-).
El valle alto del Guadalquivir suele considerarse parte de la Andalucía Oriental en los estudios geográficos.
Su identificación solamente puede hacerse, genéricamente, con relación a la costa oriental, entre el cabo de Creus y el cabo de Gata, incluyendo así las comarcas o provincias ribereñas del Mediterráneo desde Almería hasta Gerona.
Sin embargo, sí pueden distinguirse y definirse regiones naturales en cada una de estas islas, en torno a las cuales las localidades pueden agruparse.
El relieve es la principal característica que delimita las regiones naturales de las Islas Baleares.
En Mallorca se distinguen tres áreas principales generadas por la Sierra de Tramontana al oeste, la Sierra del Levante al este y una amplia planicie central entre ambas, subdividida en las áreas del Migjorn, el Pla y el Raiguer.
La compartimentación del territorio causada por su origen volcánico y la vertiente a la que está orientada son las principales características en la delimitación de las comarcas canarias.
Así, las comarcas tradicionales de Tenerife, coincidentes generalmente con el nombre y la extensión que ocupaban los antiguos menceyatos guanches de finales del siglo XV, están definidas en la planificación insular junto a marcadas regiones naturales como Anaga, el Macizo Central y Teno.
Entre estas islas, sólo en Fuerteventura y La Palma se pueden encontrar cabeceras comarcales distintas a sus respectivas capitales.