A continuación, el monarca se encargó personalmente de facilitarles un espacio, asentándose en un convento en la calle Sant Miquel, en el lado norte del centro histórico.
Aunque esté estuvo activo únicamente en el corto periodo de 1276-1299, devolviéndole los terrenos a los cistercienses.
[3] Bajo la conocida protección del monarca a los franciscanos, la Iglesia de San Francisco fue abierta al culto en 1317 pero no se consagró hasta 1385, ya que, tardó 100 años en completar la imponente bóveda.
[7] El número de franciscanos en la isla continuó aumentando exponencialmente durante siglos, llegando a haber un total de noventa y cinco franciscanos en el convento palmesano entre los años 1780 y 1823.
Durante la guerra civil española se aprovechó el acceso subterráneo al aljibe para crea unas galerías y pasadizos con el objetivo de crear un refugio antiaéreo para proteger a la población civil de los bombardeos del bando republicano.
[11] En 1943, el Papa Pío XII proclama a la iglesia del Convento de San Francisco como basílica menor.
En 1952, el rector P. Antonio Bauzá funda oficialmente el Colegio San Francisco en un edificio construido por Marcos Ferragut de forma anexa a las instalaciones del convento (iglesia y claustro) siendo este bendecido por el cardenal Francisco Spellman.