Su biblioteca, llamada en esos años "Librería del Colegio Máximo de San Pablo", estuvo dividida en librería general y de alumnos.
Su farmacia fue la mejor del Perú, en principio se estableció para dar servicio a toda la red de colegios y haciendas que tenían los jesuitas, pero luego se convirtió en la principal farmacia del Virreinato del Perú, de donde salió la primera remesa de quinina a Roma en 1631 gracias a la habilidad del jesuita italiano Agustino Salumbrino primer farmacéutico de esta célebre farmacia de San Pablo quien tras verla aplicada en los indios comenzó a aplicarla en Lima para curación de fiebres y resfríos.
La Iglesia del Colegio es hoy en día la Basílica y Convento de San Pedro, joya del barroco peruano.
Parte del complejo, incluyendo la iglesia, pasó a manos de los padres del Oratorio, otro sector se convirtió en el Colegio de Caciques mientras que sus claustros de Humanidades sirvieron de Biblioteca Nacional del Perú, hasta que en 1943 desaparecieron debido a un voraz incendio.
De acuerdo a Rubén Vargas Ugarte los rectores que tuvo fueron los siguientes: