Allí aprendió la lengua quechua e hizo su segunda profesión en 1659.

Volvió a Lima como profesor y Prefecto de Estudios en el Colegio Real de San Martín.

Regresó luego a profesor del Colegio Máximo de San Pablo donde enseñó Gramática; Artes y Teología.

Es considerado filósofo escolástico, seguidor de las ideas de Santo Tomás de Aquino, sin embargo con la amplitud mental suficiente para citar a Tomás Campanella, Giordano Bruno, Tycho Brahe y otros autores.

Introduce la filosofía de René Descartes en el Perú.