Hijo de Esteban Pérez e Isabel Menacho.
Se recibió de sacerdote en 1598.
Condujo la cátedra de Teología en el Colegio San Bernardo del Cuzco de 1598 a 1601, y en el Colegio Máximo de San Pablo de Lima de 1601 a 1621.
Fue calificador y consultor del Tribunal del Santo Oficio.Fue consejero de los virreyes Luis de Velasco, Marqués de Salinas; Gaspar de Zúñiga y Acevedo, Conde de Monterrey y Juan de Mendoza y Luna, Marqués de Montesclaros.
Según Felipe Barreda Laos, Pérez de Menacho consideraba que el mal no es una privación sino una entidad real.