La institución se vio afectada por la riada de San Calixto de 1651 que arrasó la ciudad, perdiendo todos los pasos menos el titular.

También conserva la forma de llevar los tronos sin marcar el paso; a excepción del titular, al tratarse de un Jesús Nazareno, y también los dos estantes por vara.

La cofradía de Jesús cuenta con 9 pasos y 10 hermandades, ya que abre la procesión la Hermandad de Promesas que no cuenta con paso.

Sus valiosos tronos son, por orden de salida en procesión:

Algo único en la Semana Santa de Murcia es que los estantes de Nuestro Padre Jesús Nazareno no llevan la indumentaria típica del estante sino la de mayordomo (aunque su indumentaria tampoco es exactamente la de los mayordomos ya que desfilan sin puntillas de encaje en cuello y bocamangas), además no entregan caramelos ni ningún presente al público.