[4] Sus actividades en el fútbol profesional empezaron en la temporada 2017 donde tras una muy buena actuación consiguió el subcampeonato provincial y junto con el que se ha convertido en su clásico rival de patio, el Club Alianza, clasificaron a la fase zonal representando a la provincia.
[6] Para 2018 se repite la historia a año seguido, Alianza como campeón y el Super Depor como subcampeón del torneo provincial.
En los cuadrangulares semifinales compartió grupo con Guayaquil Sport, Cantera del Jubones,[11] Alianza Cotopaxi,[12] este último terminaría ascendiendo a la Serie B al finalizar el torneo, Deportivo Guano finalizó en el tercer lugar del Grupo B.
En esa ronda estuvo en el mismo grupo con San Francisco,[15] Otavalo Fútbol Club,[16][17] Vargas Torres de Esmeraldas,[18] el sueño del ascenso concluiría ahí.
En la final se enfrentó a Peñarol de Pallatanga,[22] la ida jugada en Guano empató 1-1 y la vuelta disputada en Riobamba cayó por 1-2.
Desde su primera participación en torneos provinciales, se formó una rivalidad con el otro equipo de la localidad, el Club Social y Deportivo Alianza.