Su directiva está conformada por Rafael Segundo Escudero como presidente, Oswaldo Estrada como vicepresidente, Guido Erazo como secretario, y Humberto Burgos como gerente.
El club empezó su participación en los torneos de Segunda Categoría profesional en el año 2011[2] donde en su primer año logró el subcampeonato provincial detrás del club riobambeño Star Club, en la etapa zonal estuvo en el grupo B de la Zona 1 compartiendo grupo con equipos como Juventud Minera, el ídolo del pueblo Aucas, Atlético Saquisilí y León Carr; finalizó en el tercer lugar después de conseguir tres victorias, dos empates y tres derrotas, ahí concluyó su primera participación en los zonales.
[3] Para la temporada 2012 el club Alianza vuelve a tener una destacada actuación en el torneo provincial de Segunda Categoría quedando nuevamente subcampeón y junto con el campeón de ese año Penipe Sporting Club avanzaron a los zonales provinciales, ahí Alianza compartió grupo por segundo año seguido con el ídolo del pueblo Aucas y León Carr, además de Pilahuin Tío, Sporting Bolívar y LDE La Maná, volvió a terminar en el tercer lugar con tres victorias, tres empates y tres derrotas, una vez más el sueño de llegar a la Serie B quedaba ahí; por este grupo sobresalió el partido jugado con Aucas en Quito donde la victoria se la llevó el equipo ex-petrolero con gol de Jaime Iván Kaviedes.
[9] La temporada 2018 se registra como la mejor hasta ahora para el equipo de Alianza,[10] terminó campeón del torneo provincial por segunda vez en su historia y consiguió también el bicampeonato al derrotar en la última fecha a su clásico rival, el Deportivo Guano;[11] en la etapa zonal compartió grupo con Mineros de Caluma, Azogues Sporting Club y Chacaritas de Pelileo, ganó el grupo tras conseguir cinco victorias y una derrota, por primera vez en su historia logra pasar la fase zonal, en la etapa de los cuadrangulares semifinales concluyó su participación en el torneo 2018 tras terminar en segundo lugar del Grupo D, compartió grupo con Duros del Balón de Santa Elena, Audaz Octubrino de Machala y Imbabura Sporting Club, consiguió 11 puntos con 3 victorias, 2 empates y 1 derrota, 8 goles a favor, 5 en contra, por gol diferencia el equipo guaneño quedó eliminado con Duros del Balón que terminó primero, en la última fecha cayó derrotado 2 - 1 con Audaz Octubrino en Pasaje, así el sueño de llegar a la Serie B quedó truncado.
[13] Desde la temporada 2017, donde vino la primera participación en torneos provinciales del Club Deportivo Guano, se formó una rivalidad con el otro equipo de la localidad.