[3] La superficie dorsal del hueso frontal estaba altamente modificada para soportar la base de una cresta hueca, la cual formaba una plataforma muy ancha, fuertemente inclinada hacia delante y ornamentada por largos y profundos surcos longitudinales.
Varias características comunes, sinapomorfías, lo unen con Parasaurolophus con el que tiene una estrecha relación y son agrupados en la tribu Parasaurolophini.
Se muestra incluso en juveniles una proyección lateral clara, que ofrece un punto de partida para un bíceps muy fuerte.
El cráneo parcial se asemeja al de Parasaurolophus y tenía probablemente un largo similar, con una cresta hueca proyectada hacia atrás, que pasa por la superficie dorsal altamente modificada del hueso frontal.
Entre ellos se encuentran los huesos de hadrosáuridos, que fueron descritos por Anatoly Riabinin como Mandschurosaurus amurensis.
Riabinin además describió otro ejemplar un muy fragmentario isquion de hadrosáurido y lo llamó Saurolophus krystofovici.
El epíteto específico jiayinensis se refiere a la localidad tipo, el sitio de Jiayin.
[5] Un análisis cladístico realizado en 2000 por Pascal Godefroit, Shuqin Zan Liyong Jin, y sobre la base del cráneo, dientes, y las características postcraneales muestra que Charonosaurus jiayinensis filogenéticamente está más estrechamente relacionado con Parasaurolophus que cualquiera de los otros Lambeosaurinae.
[5] A continuación se muestra el cladograma más reciente publicado incluyendo Blasisaurus y Arenysaurus, realizado por Penélope Cruzado-Caballero et al.