La tercera parte inferior del escudo muestra el pacífico río Champotón que viene desde las montañas y trae en su corriente un pez, símbolo de otra de las actividades económicas del municipio.

Debajo del arroz, se muestra una pistola quebrada y un abollado yelmo español, debajo de la mazorca una ballesta rota, que hacen alusión a la derrota sufrida por los españoles y la imposición de las armas indígenas.

La periferia del escudo muestra en la parte inferior la leyenda "Bahía de la Mala Pelea", nombre que los españoles otorgaron a la región en su desesperada huida en 1517.

En el año 869, procedente de Nonohual llegó Ah Mekat Tutul Xiu, quién era el jefe de los tutul xiúes y obligó a los primeros itzáes a replegarse a la selva y abandonar Chakán Putum y otras ciudades, los tutul xiúes se estabecieron principalmente en Uxmal más tarde en el 987, algunos de los itzáes que vivían "bajo los árboles, bajo la ceniza y bajo la miseria" regresaron nuevamente a Chichén Itzá, otros de los Itzáes se separaron y fundaron Mayapán (1047 d. C.), a estos últimos desde entonces se les conoció como los “Cocomes”.

Cocomes, itzáes y tutul xiúes formaron la Liga de Mayapán que comenzó en 1047.

[12]​ Debido a estos acontecimientos, Champotón fue bautizado como “Puerto de Mala Pelea”.

La balanza del enfrentamiento se inclinó a los europeos quienes tuvieron 7 bajas (entre ellas Juan de Quiteria) y 60 heridos (Juan de Grijalva resultó herido con tres flechazos y perdió dos dientes), los mayas couohes sufrieron muchas bajas (200), entre los muertos murió el cacique principal, y el resto huyó tierra adentro.

Grijalva mandó a sus traductores (Julianillo y Melchorejo, mayas atrapados en Cabo Catoche durante la primera expedición que ya habían aprendido el castellano) para llamar a otros caciques, nadie acudió al llamado, por lo que esta expedición abandondó Champotón y continuó su ruta hacia la desembocadura del río desde entonces llamado “Grijalva” en Tabasco, en esta expedición venía por primera vez Francisco de Montejo.

En la primera etapa o intento, Montejo incursionó entre 1527 y 1529 por el noreste de la península con ayuda del capitán Alonso Dávila, pero fueron repelidos por los mayas.

En la segunda etapa o intento (1530-1535) Montejo incursionó por el oeste, logrando fundar en 1531 “Salamanca de Campeche”.

Alonso Dávila fue enviado por Montejo a cruzar el sur la península y fundó en Bacalar Villa Real, pero esta posición tuvo que ser abandonada.

La Revolución mexicana no afectó gravemente a la población, salvo la permanencia durante cinco meses de un ejército delahuertista en retirada en 1923-24.

[18]​ Champotón es un lugar pintoresco que conjunta el ambiente apacible de un pequeño poblado, los atractivos naturales y los servicios turísticos.

Apuntalando la actividad turística los lugares emblemáticos en Champotón son: Con una longitud de 57 kilómetros, su inmenso atractivo natural, conforma el sitio ideal para la práctica de la pesca deportiva, recorridos fotográficos para apreciar la flora y fauna que habita la región y diversas actividades ecoturísticas.

Aunque propiamente no existen playas en el poblado de Champotón, aproximadamente a 15 km al sur da inicio una extensa franja arenosa con importantes zonas de playa, como lo son Punta Xen y Chenkán, que cuentan con un campamento tortuguero.