La planta baja cuenta los orígenes de la ciudad, pasando por los distintos asentamientos hasta llegar a la actualidad.
La primera planta está dedicada exclusivamente a la Edad Media, presentando las distintas religiones que convivían en el Burgo de Santiuste y su crecimiento en torno a la iglesia de los Santos Niños.
La planta baja alberga tres vitrinas divididas de forma cronológica: la primera abarca desde la prehistoria hasta los inicios de la antigüedad, dando paso a una segunda que continúa hasta el siglo VIII d. C., terminando con una tercera vitrina que llega a la actualidad.
En cuanto a la primera planta, está formada por cuatro vitrinas y varios paneles informativos centrados en la Edad Media.
El recorrido finaliza en la planta sótano, centrada en el final de la Edad Media y el inicio del Renacimiento.