Las elecciones complementarias, realizadas tres meses más tarde, también fueron objetadas y la justicia las anuló.Ese mismo año la CTA Autónoma llamó a comicios independientes para elegir sus autoridades, en los que fue reelegido Pablo Micheli.[9] En diciembre de 2016, un sector de la CTA Autónoma se separó del resto debido a diferencias con la forma en que Micheli manejaba la central obrera, criticando que "durante 9 meses no se había convocado a un plenario".Así fue como a principios de 2017, Yasky y Micheli declararon que la CTA se reunificaría en 2018.[11] Sin embargo, esta idea fue abandonada pocos meses después debido a la fractura dentro de la CTA Autónoma.Por ello puede nuclear cada vez más a dirigentes que han tenido una historia en diferentes partidos o sectores políticos (radicales, peronistas, comunistas, socialistas, etc.) Algunos de los sindicatos y federaciones que integran la CTA son los siguientes:
Militantes de la CTA en la marcha del #8M 2023 en
Tandil
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