Integró la Unión de Estudiantes Secundarios (UES), en la Juventud Peronista (JP) y en Montoneros.

Retomó su militancia en el espacio Ateneo Eva Perón de La Plata, en la organización de "Intransigencia y Movilización Peronista", una corriente interna del Partido Justicialista, que buscaba la rearticulación del Movimiento Obrero Argentino.

Hugo “Cachorro” Godoy participó del juicio como testigo y reconoció a sus captores, que fueron condenados.

Se afilió a la Asociación Trabajadores del Estado (ATE) y al año siguiente fue elegido delegado.

En el 2015 fue elegido como Secretario General de ATE a nivel nacional y fue reelegido para un segundo mandato para el período que abarca desde el 2019 hasta el 2023.