[2]​ En la colina se construyeron otras estructuras que servían como cuarteles para los numerosos clérigos, empleados reales y artesanos.

El edificio actual comprende fragmentos románicos e importantes elementos góticos.

Sus trabajos fueron continuados por el maestro Benedykt y Bartolomeo Berrecci de Florencia.

La colina Wawel, la ubicación del castillo, ha estado habitada desde más de cincuenta mil años, en la Era Paleolítica.

[4]​ En 1609, Segismundo trasladó la capital a Varsovia, y comenzaron tiempos duros para Wawel.

Las invasiones suecas de 1655–1657 y 1702 contribuyeron al deterioro del castillo.

Se robaron las insignias reales y nunca fueron recuperadas (aparte de Szczerbiec).

En la segunda mitada del siglo XIX los austriacos rediseñaron las murallas defensivas haciéndolas parte de una fortaleza.

Durante la Segunda Guerra Mundial, Wawel fue la sede de las autoridades ocupantes y la residencia del gobernador general Hans Frank.

Casi inmediatamente después de su liberación, se volvió a reconstituir el museo y en los años 1960 ya toma prácticamente la forma actual.