El Clan Baba continuó gobernando durante unos 200 años hasta que fueron conquistados en 1416 por Edo Michifusa.

Los Tokugawa gobernaron sobre el Castillo Mito hasta la Restauración Meiji.

El edificio del castillo excepto una yagura de tres pisos y la puerta del yakuimon, fueron destruidos durante el Período Meiji.

El yagura luego se quemó durante la Segunda Guerra Mundial.

Existen planes en la ciudad de Mito, para reconstruir el castillo.