El gobierno franquista presidido por Carlos Arias Navarro, que hacía solo dos semanas se había mostrado a favor de la «apertura» del régimen en el llamado «Espíritu del 12 de febrero», consideró la pastoral un «grave atentado a la unidad nacional».
El cardenal Tarancón, máxima autoridad de la Iglesia Católica en España, y la Conferencia Episcopal salieron en defensa de monseñor Añoveros y negaron el derecho del gobierno a expulsar a un obispo, amenazando con la excomunión al que dictara la orden.
Al frente del Consejo se encontraba el vicario de la diócesis, José Ángel Ubieta, conocido por sus sentimientos nacionalistas vascos.
Al día siguiente, 21 de febrero, el ministro de Justicia Francisco Ruiz Jarabo llamó por teléfono a Tarancón alarmado, pues había leído la homilía gracias al ejemplar que le había traído desde Bilbao su alcaldesa Pilar Careaga, nombrada por Franco.
Puestos en contacto con el obispo Añoveros este les dijo que «volverme atrás ahora por presión del Gobierno podría producir un auténtico escándalo».
Ese mismo día el Gobierno se reunía y decidía expulsar de España al obispo Añoveros por su «desobediencia a la autoridad civil».
[8] El cardenal Tarancón decidió esa misma tarde del miércoles 27 convocar a la Comisión permanente de la Conferencia Episcopal Española para que se reuniese dos días después.
Al día siguiente, miércoles 6 de marzo, Tarancón se entrevistó con los ministros «aperturistas» Pío Cabanillas y Antonio Carro, pero este último le comunicó que el Gobierno tenía preparada una nota rompiendo relaciones con la Santa Sede.
El Gobierno retiró sus amenazas y se mostró dispuesto a negociar directamente con la Santa Sede.
El acuerdo que se alcanzó fue otorgar al obispo Añoveros un permiso especial de vacaciones.
El lunes 18 el cardenal Tarancón le enviaba una carta al presidente del Gobierno Carlos Arias Navarro en la que planteaba la necesidad de la colaboración entre «las autoridades del Estado y las autoridades de la Iglesia en España».