Más tarde, perteneció al converso Juan de Córdoba en el siglo XV, quien fue ajusticiado por la Inquisición española acusado de judaizante, probablemente por albergar una sinagoga clandestina en esta casa, tras lo que fue derribada.

[3]​ A finales del siglo XX fue adquirida por un individuo que estaba convencido de que la casa albergaba un tesoro judío y comienza a hacer excavaciones hasta dejarla prácticamente en ruinas.

En 2007 la Casa de las Cabezas fue adquirida por Manuel Ramos Gil, quien realizó una gran restauración, descubriendo un baño judío o mikvé, hecho que probaría la historia del converso Juan de Córdoba, y la abrió al público como museo en 2014.

La leyenda cuenta que en el lugar donde está ubicada la casa actual, se encontraría la prisión.

Los infantes se preparan para una batalla en los campos de Soria al que acude el grueso del ejército musulmán, aunque el prometido por la novia nunca llega y finalmente son arrasados por los árabes.