Territorialmente, la ciudad de Santo Domingo está organizada en siete parroquias urbanas, mientras que existen siete parroquias rurales con las que complementa el aérea total del Cantón Santo Domingo.
La ciudad y el cantón Santo Domingo, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad, según lo previsto en la Constitución de la República.
El poder ejecutivo de la ciudad es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde del Cantón Santo Domingo, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.
Actualmente el Alcalde de Santo Domingo es Wilson Erazo Argoti, elegido para el periodo 2019 - 2023.
[2] Santo Domingo tiene 13 concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt), duran en sus funciones cuatro años y pueden ser reelegidos indefinidamente.
El cantón se divide en parroquias que pueden ser urbanas o rurales y son representadas por las Juntas Parroquiales ante el Municipio de Santo Domingo.