El poder ejecutivo del cantón es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde de Buena Fe, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.

El vicealcalde no es elegido de la misma manera, ya que una vez instalado el Concejo Cantonal de Buena Fe se elegirá entre los ediles un encargado para aquel cargo.

El poder legislativo del cantón es ejercido por el Concejo Cantonal de Buena Fe el cual es un parlamento unicameral que se constituye al igual que en los demás cantones mediante la disposición del artículo 253 de la Constitución Política Nacional.

[4]​ El cantón Buena Fe posee siete concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.

El cantón se divide en la cabecera cantonal; San Jacinto de Buena Fe y dos parroquias rurales Patricia Pilar que son representados por el Gobierno Parroquial ante la Alcaldía.