La ciudad y el cantón El Carmen, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo estipulado en la Constitución Política Nacional.

El Alcalde es la máxima autoridad administrativa y política del Cantón El Carmen.

El cantón se divide en parroquias que pueden ser urbanas o rurales y son representadas por los Gobiernos Parroquiales ante la Alcaldía de El Carmen.

Parroquias urbanas Parroquias Rurales El Carmen tiene una extensión de 1.732 km² incluida la Manga del Cura, territorio que le fue incorporado formalmente en 2017.

[1]​ Sus límites son: Parroquias del cantón El Carmen