La obra integra en un solo edificio varios volúmenes comunicados entre sí, entre cada uno de los cuales se disponen patios abiertos.
Promovido por el obispo Ramón Martínez Vigil (cuya prelatura se desarrolló entre 1884 y 1904), su sobrino el sacerdote Maximiliano Arboleya y Claudio López Bru, II marqués de Comillas (vinculado a la industria asturiana del carbón), este seminario surgió en una época caracterizada por un auge en la fundación de seminarios.
El Concordato firmado entre el Estado español y la Santa Sede en 1851 había mejorado las relaciones Iglesia-Estado, algo que favoreció la financiación para la creación de seminarios a través de las aportaciones económicas fijas del Estado y las rentas que se le permitió tener a la Iglesia.
Sin embargo, tras su llegada a la prelatura en 1884, Ramón Martínez Vigil proyectó la construcción de un seminario más grande.
El seminario entró en funcionamiento en el curso 1903-1904 con un altercado: a punto de ser rematada, la capilla se derrumbó.
Las normas impuestas eran muy estrictas: los alumnos, aunque no llevaban hábitos, debían vestir de oscuro e incluso, en los primeros años, se les llegó a tonsurar.
Además, durante los recreos los estudiantes internos estaban separados de aquellos que no permanecían en régimen de internado, los cuales solo podían regresar a sus casas dos horas al mediodía para comer y al anochecer.
Tras la venta al ejército, en 1922, ya con Juan Bautista Luis y Pérez como obispo (cuya prelatura duró hasta 1934), el Seminario Conciliar[2] se trasladó de nuevo al convento ovetense de Santo Domingo.