Cabezas Rubias se encuentra situado en plena comarca del Andévalo occidental, a una altitud de 240 m s. n. m. (225 m s. n. m. de altitud media).

Su término municipal ocupa 10 865 hectáreas y está situado a 65 km (kilómetros) de la capital onubense.

Desde la Reconquista cristiana y durante la Edad Moderna, Cabezas Rubias perteneció, como toda la comarca circundante, al condado de Niebla.

En el censo de 1528, Cabezas Rubias tenía 54 "vecinos pecheros", es decir, familias obligadas al pago de impuestos.

A finales de siglo, en 1591, la población había crecido hasta las 99 familias, y vivían además en el pueblo dos clérigos.