La gestión estatal se realiza por medio de una fundación creada al efecto.
En 2012 el Gobierno español le concede la Acreditación como Centro de Excelencia Severo Ochoa que reconoce, premia y promueve la investigación científica de alto nivel en el ámbito internacional.
Esta acreditación válida durante cuatro años, ha ido siendo renovada hasta el presente.
Este reconocimiento ha sido renovado en octubre de 2015 y permanecerá vigente hasta 2019.
En cuanto al Programa de Investigación Clínica, además de las Unidades que posee en el propio Centro, en los últimos tres años se ha expandido significativamente mediante acuerdos con hospitales públicos y privados.
Pertenece a la Plataforma Nacional de Biobancos y Biomodelos del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), en la que el área cuenta con 57 biobancos, coordinados por Eva Ortega Paíno.
[6] A finales de 2014, María Blasco con el CNIO lanzaba la plataforma 'Amigos del CNIO',[7] una nueva modalidad filantrópica dirigida a asociaciones, empresas y ciudadanos sensibilizados con la necesidad de apoyar la investigación en el área del cáncer.