En verano de 2005, Colangelo traspasó con disgusto al escolta y tirador Joe Johnson a los Atlanta Hawks por dos futuras elecciones en primera ronda y por Boris Diaw, quien luego conseguiría el título al jugador de la NBA con mayor progresión durante el 2006.
Bryan ganaría el premio AFL al mejor ejecutivo del año en 1993 por su trabajo con los Rattlers.
En 2004, los Suns fueron vendidos a un grupo de inversores liderados por Robert Sarver, aunque Colangelo siguió como presidente y GM (General Manager) después de que los Raptors despidiesen a Rob Babcock, en enero del 2006, empezaron a correr rumores de que Colangelo no duraría mucho más y pronto comenzaría una búsqueda "exhaustiva" para buscar un nuevo GM.
Bryan Colangelo además completó su segunda transferencia mandando al alero Eric Williams, a Matt Bonner y una elección en la segunda ronda del Draft del 2009 a los San Antonio Spurs por el pívot Rasho Nesterovič el 21 de junio de 2006.
Los Raptors consiguieron mejorar mucho su juego ya que el año anterior habían finalizado con un balance muy negativo de victorias derrotas, 27-55.
Teniendo gran parte de la culpa Colangelo, que había conseguido realizar nueve transferencias para los Toronto Raptors.
Él declaró que lo hizo para compensar las bajas de Bargnani y Parker por lesión.