A pesar de ello terminó la temporada promediando 19,2 puntos y 9,3 rebotes por partido.En 2004 se incorporó a los Raptors, donde pasó dos temporadas de suplente, promediando 7,3 puntos y 3,6 rebotes en apenas 20 minutos por partido.En 2006 fue traspasado a San Antonio Spurs, equipo en el que militó hasta su retirada en 2016.[4] Matt y Luke dirigen una organización sin ánimo de lucro llamada Rock On Foundation, en las que se pretende apoyar la participación de la comunidad en las artes y el deporte.[5] Matt aplicó para conseguir la ciudadanía canadiense en febrero de 2009, pero le fue denegada debido al tiempo que pasaba fuera del país.
Matt Bonner en una charla tras un partido en el AT&T Center